|
DZIEŃ 1 | 8 marca 2012 Technika Real-time PCR - Oznaczenia ilościowe
|
|
9.55
|
Rozpoczęcie warsztatów
|
5 min
|
|
10.00
|
Wykład:
Podstawy techniki Real-time PCR
- podstawy techniki Real-time PCR
- formaty detekcji (sondy, barwniki, fluorochromy)
- nomenklatura związana z techniką Real-time PCR (Ct, Cp, ΔΔCt, krzywa standardowa, wydajność reakcji)
|
60 min
|
|
11.00
|
Projektowanie eksperymentu
- dobór materiału badawczego
- przygotowanie prób (izolacja kwasów nukleinowych, warunki RT PCR)
- zastosowanie Real-Time do oznaczania ilościowego kwasów nukleinowych – kwantyfikacja względna i bezwzględna
|
60 min
|
|
12.00
|
Przerwa na kawę
|
15 min
|
|
12.15
|
Projektowanie eksperymentu - c.d.
- projektowanie starterów i sond – dostępne oprogramowanie komercyjne i darmowe, jak i ile zamawiać, przechowywanie, przygotowanie roztworów roboczych
- dobór genów referencyjnych – standaryzacja wyników
- eksperymenty typu dose-course i time-course
|
60 min
|
|
13.15
|
Przerwa na obiad
|
60 min
|
|
14.15
|
Przygotowanie do eksperymentu
|
15 min
|
|
14.30
|
Część praktyczna – oznaczenie względne (relative quantification) – reakcja multiplex w formacie Dual-color z kompensacją kolorów
W trakcie reakcji:
- Universal Probe Library (UPL)
- Panele Real-Time Ready
|
105 min
|
|
16.15
|
Interpretacja wyników
|
15 min
|
|
16.30
|
Sesja troubleshooting w oznaczeniach ilościowych
|
30 min
|
|
17.00
|
Zakończenie dnia
|
|
|
DZIEŃ 2 | 9 marca 2012 Real-Time w oznaczeniach jakościowych – genotypowanie
|
|
9.00
|
Wprowadzenie do genotypowania
- SNP, mutacje i ich znaczenie
- genotypowanie techniką real-time PCR jako alternatywa dla RFLP i SSCP
|
30 min
|
|
9.30
|
Projektowanie eksperymentu
- formaty detekcji stosowane w analizie jakościowej
- projektowanie sond HybProbe i Simple Probe – LightCycler Probe Design Software
- gene scanning – High Resolution Melting (HRM)
- genotypowanie typu end-point – sondy hydrolizujące
|
75 min
|
|
10.45
|
Przerwa na kawę
|
15 min
|
|
11.00
|
Przygotowanie do eksperymentu
|
15 min
|
|
11.15
|
Część praktyczna – genotypowanie metodą HRM
W trakcie reakcji – oznaczenie statusu metylacji z zastosowaniem metody HRM
|
105 min
|
|
13.00
|
Interpretacja wyników
|
15 min
|
|
13.15
|
Przerwa na lunch
|
60 min
|
|
14.15
|
Przygotowanie do reakcji genotypowania za pomoca sond (HybProbe /Taqman)
W trakcie reakcji – troubleshooting w reakcjach jakościowych
|
75 min
|
|
15.30
|
Interpretacja wyników
|
30 min
|
|
16.00
|
Zakończenie
|
|
