|
ZAPRASZAMY: biologów molekularnych, biotechnologów i diagnostów laboratoryjnych (z zakresu genetyki medycznej i poradnictwa genetycznego)
Planowana ilość osób: 12-16
Reakcja łańcuchowa polimerazy DNA z analizą ilości produktu w czasie rzeczywistym (ang. real-time PCR) to jedna z najnowocześniejszych metod analitycznych mających zastosowanie w genetyce, biologii molekularnej, mikrobiologii, wirusologii, onkologii, diagnostyce medycznej i innych pokrewnych dziedzinach. Wykorzystanie sond fluorescencyjnych pozwala nie tylko na monitorowanie przyrostu ilości produktu amplifikacji w każdym cyklu prowadzonej reakcji PCR, a także jego ocenę jakościową. Realt-time PCR umożliwia oznaczanie ilości kwasów nukleinowych w materiale badanym oraz wykrywania nawet niewielkich zmian w obrębie amplifikowanych sekwencji, dzięki czemu technika ta jest niezwykle cennym narzędziem znajdującym zastosowanie zarówno w badaniach naukowych jak i w diagnostyce molekularnej. Mamy nadzieję, że warsztaty nie tylko przybliżą Państwu tą technikę, ale również ułatwią podjęcie decyzji odnośnie ewentualnego wyboru i kupna platformy, która spełni Państwa oczekiwania i będzie odpowiednia dla Państwa zamierzeń naukowych.
Prowadzący:
- dr Marcin Hołysz notka
, Katedra i Zakład Biochemii i Biologii Molekularnej, Uniwersytet Medyczny w Poznaniu
- dr Błażej Rubiś notka
, Katedra i Zakład Chemii Klinicznej i Diagnostyki Molekularnej
Umiejętności jakie muszą posiadać uczestnicy warsztatów przed przystąpieniem do zajęć:
- elementarne zasady pracy w laboratorium (praca jałowa, obsługa pipet automatycznych)
- przydatna będzie znajomość podstaw PCR
- z warsztatów skorzystają również osoby, które zetknęły się już z technologią real-time PCR (wartością będzie możliwość konsultacji trudniejszych przypadków z doświadczonymi użytkownikami różnych platform sprzętowych)
Umiejętności jakie nabędą uczestnicy warsztatów:
- dobór i zakup sprzętu do prowadzenia reakcji Real-time PCR
- projektowanie eksperymentów – projektowanie starterów i sond do oznaczeń ilościowych i jakościowych techniką real-time PCR
- przeprowadzanie oznaczeń ilościowych (kwantyfikacja względna i bezwzględna)
- przeprowadzanie oznaczeń jakościowych (genotypowanie SNP)
- rozwiązywanie problemów technicznych związanych z analizą wyników i obsługą sprzętu
- w trakcie warsztatów będzie też możliwość konsultacji własnych wyników uczestników kursu z doświadczonymi użytkownikami różnych platform sprzętowych, praktykami w dziedzinie technik biologii molekularnej)
Zajęcia praktyczne oparte będą o następujące reakcje, znajdujące zastosowanie w molekularnej diagnostyce medycznej:
- ilościowe oznaczanie poziomu ekspresji genu badanego i referencyjnego z użyciem sond hydrolizujących w układzie multiplex Dual-Color
- genotypowanie pojedynczo-nukleotydowych polimorfizmów (SNP) za pomocą krzywych topnienia wysokiej rozdzielczości (High Resolution Melting, HRM)
- genotypowanie polimorfizmów SNP za pomocą sond hybrydyzujących (Melting Curve Genotyping) lub allelo-specyficznych sond hydrolizujących (Endpoint Genotyping)
PROGRAM
|
DZIEŃ 1 | 25 stycznia 2010 Technika Real-time PCR - Oznaczenia ilościowe
|
|
9.55
|
Rozpoczęcie warsztatów
|
5 min
|
|
10.00
|
Wykład:
Podstawy techniki Real-time PCR
- podstawy techniki Real-time PCR
- formaty detekcji (sondy, barwniki, fluorochromy)
- nomenklatura związana z techniką Real-time PCR (Ct, Cp, ΔΔCt, krzywa standardowa, wydajność reakcji)
|
60 min
|
|
11.00
|
Projektowanie eksperymentu
- dobór materiału badawczego
- przygotowanie prób (izolacja kwasów nukleinowych, warunki RT PCR)
- zastosowanie Real-Time do oznaczania ilościowego kwasów nukleinowych – kwantyfikacja względna i bezwzględna
|
60 min
|
|
12.00
|
Przerwa na kawę
|
15 min
|
|
12.15
|
Projektowanie eksperymentu - c.d.
- projektowanie starterów i sond – dostępne oprogramowanie komercyjne i darmowe, jak i ile zamawiać, przechowywanie, przygotowanie roztworów roboczych
- dobór genów referencyjnych – standaryzacja wyników
- eksperymenty typu dose-course i time-course
|
60 min
|
|
13.15
|
Przerwa na obiad
|
60 min
|
|
14.15
|
Przygotowanie do eksperymentu
|
15 min
|
|
14.30
|
Część praktyczna – oznaczenie względne (relative quantification) – reakcja multiplex w formacie Dual-color z kompensacją kolorów
W trakcie reakcji:
- Universal Probe Library (UPL)
- Panele Real-Time Ready
|
105 min
|
|
16.15
|
Interpretacja wyników
|
15 min
|
|
16.30
|
Sesja troubleshooting w oznaczeniach ilościowych
|
30 min
|
|
17.00
|
Zakończenie dnia
|
|
|
DZIEŃ 2 | 26 stycznia 2010 Real-Time w oznaczeniach jakościowych – genotypowanie
|
|
9.00
|
Wprowadzenie do genotypowania
- SNP, mutacje i ich znaczenie
- genotypowanie techniką real-time PCR jako alternatywa dla RFLP i SSCP
|
30 min
|
|
9.30
|
Projektowanie eksperymentu
- formaty detekcji stosowane w analizie jakościowej
- projektowanie sond HybProbe i Simple Probe – LightCycler Probe Design Software
- gene scanning – High Resolution Melting (HRM)
- genotypowanie typu end-point – sondy hydrolizujące
|
75 min
|
|
10.45
|
Przerwa na kawę
|
15 min
|
|
11.00
|
Przygotowanie do eksperymentu
|
15 min
|
|
11.15
|
Część praktyczna – genotypowanie metodą HRM
W trakcie reakcji – oznaczenie statusu metylacji z zastosowaniem metody HRM
|
105 min
|
|
13.00
|
Interpretacja wyników
|
15 min
|
|
13.15
|
Przerwa na lunch
|
60 min
|
|
14.15
|
Przygotowanie do reakcji genotypowania za pomoca sond (HybProbe /Taqman)
W trakcie reakcji – troubleshooting w reakcjach jakościowych
|
75 min
|
|
15.30
|
Interpretacja wyników
|
30 min
|
|
16.00
|
Zakończenie
|
|
|