Patronat Honorowy:
Katedra Nauk Fizjologicznych, Wydział Medycyny Weterynaryjnej SGGW

Formuła spotkania: wykłady oraz zajęcia w pracowni komputerowej, podczas których każdy z uczestników będzie miał możliwość samodzielnego zaplanowania eksperymentu, pracy na zbiorach danych i analizy wyników na oprogramowaniu bezpłatnym i komercyjnym.

Główne założenia programowe:
Planując zajęcia wyszliśmy z założenia, że nie każdy uczestnik pragnie samodzielnie od początku do końca wykonać eksperyment, który w gruncie rzeczy polega na starannym zastosowaniu średnio skomplikowanych protokołów laboratoryjnych. Jednokrotne wykonanie takiej procedury nie zmieni Państwa w ekspertów. Doskonale wiedzą Państwo, że dopiero kilkukrotne samodzielne wykonanie procedury może dać odpowiednią wprawę, pozwoli uniknąć prostych błędów i kosztownych wpadek. Zachęcamy do tego osoby planujące zakup sprzętu – potencjalnych klientów firm oferujących rozwiązania z dziedziny mikromacierzy. Uczestnikami naszego spotkania mogą być nie tylko osoby planujące zakup sprzętu lub odczynników, ale również potencjalni klienci laboratoriów, które wykonują usługi na zlecenia (ang. core facilities).
Nasze seminarium dedykowane jest osobom, które pragną zrozumieć, w jaki sposób można wykorzystać technologię mikromacierzy we własnej pracy naukowej, badawczo-rozwojowej, edukacyjnej, klinicznej czy diagnostycznej. Pomożemy uczestnikom zaplanować hipotetyczny lub własny eksperyment. Pokażemy jak wyglądają prace laboratoryjne. Opowiemy szczegółowo jak uniknąć błędów i jak działa sprzęt. Obszernie przedstawimy metody statystycznej analizy wyników, które znajdują zastosowanie w konkretnych typach eksperymentów.
Podczas dwudniowego spotkania umożliwimy Państwu kontakt i wymianę myśli z osobami które od lat skutecznie prowadzą eksperymenty z wykorzystaniem mikromacierzy i publikują swoje wyniki w recenzowanych pismach międzynarodowych.

Umiejętności, które powinien posiadać uczestnik, aby mógł w pełni skorzystać ze spotkania:

• rozumienie zasad pracy stosowanych w laboratorium biologii molekularnej oraz działania podstawowych urządzeń takich jak: termocyklery, wortexy, łaźnie, wytrząsarki, inkubatory)
• rozumienie podstawowych protokołów stosowanych w laboratorium biologii molekularnej (izolacja kwasów nukleinowych, przechowywanie próbek, inkubacja etc.)
• rozumienie podstaw statystyki (w tym zasad testowania hipotez)

Umiejętności, jakich nabędą uczestnicy w trakcie spotkania:

• projektowanie eksperymentu z wykorzystaniem mikromacierzy (dobór materiału, ilości powtórzeń, metody izolacji RNA, planowanie kolejnych kroków laboratoryjnych),
• dobór sprzętu i porady dotyczące zakupu urządzeń
• skuteczne rozwiązywanie problemów z przebiegiem prac laboratoryjnych (troubleshooting)
• skanowanie macierzy i ocena jakości wyników
• prawidłowe przenoszenie danych, import i eksport z wykorzystaniem bezpłatnych i komercyjnych typów oprogramowania
• analiza statystyczna otrzymanych wyników
• analiza danych pod kątem: wykrywania genów o najbardziej zróżnicowanej ekspresji pomiędzy porównywanymi grupami dla różnych układów eksperymentalnych, , analiza szlaków enzymatycznych i procesów biologicznych i wiele innych
• wartością będzie też poznanie funkcjonalności wybranych ogólnodostępnych narzędzi analizy danych o ekspresji
• wartością będzie możliwość konsultacji trudniejszych przypadków z doświadczonymi użytkownikami różnych platform sprzętowych i typów oprogramowania

PROGRAM

DZIEŃ 1 | 17 lutego 2010
9.20	Rozpoczęcie warsztatów	10 min
Blok tematyczny: Podstawy techniki mikromacierzy ekspresyjnych
9.30	Mikromacierze DNA – możliwości zastosowania dr Michał Jank  notka, Katedra Nauk Fizjologicznych, WMW, SGGW	50 min
10.20	Planowanie eksperymentów mikromacierzowych, czynniki wpływające na uzyskiwane wyniki dr Michał Jank  notka, Katedra Nauk Fizjologicznych, WMW, SGGW	50 min
11.10	Przerwa kawowa	20 min
11.30	Protokoły laboratoryjne i rozwiązywanie problemów technicznych gdzie znaleźć protokoły i zalecenia specyfika urządzeń różnych producentów koszty urządzeń, eksploatacji dr Michał Jank  notka, Katedra Nauk Fizjologicznych, WMW, SGGW	50 min
12.20	Przerwa na obiad	40 min
Blok tematyczny: Metody analizy ekspresji genów na podstawie badań mikromacierzowych
13.00	Dane Dane z macierzy jednokanałowych vs. dwukolorowych Struktury danych w R/Bioconductor dla danych mikromacierzowych Zadania analizy danych mikromacierzowych: Porównywanie klas – wykrywanie genów o zróżnicowanej ekspresji Wykrywanie klas – klasteryzacja Przewidywanie klas – klasyfikacja próbek na podstawie profili ekspresji dr Henryk Maciejewski  notka, Politechnika Wrocławska, University of Applied Sciences, Hagenberg, Austria	120 min
15.00	Przerwa kawowa	20 min
15.20	Metody wyznaczania genów o zróżnicowanej ekspresji Testy statystyczne, miary heurystyczne Metody liniowe, pakiet limma R/Bioconductor Zastosowanie dla różnych układów eksperymentalnych (dye-swap, saturated design, itp.) Problem wielokrotnych testów (korekcja Benjamini-Hochberg, FDR) Inne narzędzia: SAM, komercyjne pakiety statystyczne (SPSS/Clementine, SAS). dr Henryk Maciejewski  notka, Politechnika Wrocławska, University of Applied Sciences, Hagenberg, Austria	90 min
16.50	Zakończenie pierwszego dnia
DZIEŃ 2 | 18 lutego 2010
Blok tematyczny: Analiza i interpretacja danych (część I)
9.00	Bezpłatne i komercyjne narzędzia do analizy ontologii genów zidentyfikowanych w eksperymentach mikromacierzowych – Panther®, KEGG, Pathway Studio Marcin Kozłowski  notka, Katedra Nauk Fizjologicznych, WMW, SGGW	120 min
11.00	Przerwa kawowa	10 min
Blok tematyczny: Analiza i interpretacja danych (część II)
11.10	Oprogramowanie komercyjne cz I: GeneSpring Danielle Fletcher - Genespring Technical Expert, Markus Dueringer - European, Key Account Manager Bioinformatics	90 min
12.40	Przerwa na obiad	30 min
13.10	Oprogramowanie komercyjne cz I: GeneSpring Danielle Fletcher - Genespring Technical Expert, Markus Dueringer - European, Key Account Manager Bioinformatics	90 min
Blok tematyczny: Analiza przypadków, projektowanie własnych eksperymentów i dyskusja
14.40	Zastosowanie mikromacierzy ekspresyjnych w badaniach genów bakterii patogennych dr Izabela Sitkiewicz  notka, Narodowy Instytut Leków	20+10 min
15.10	Identyfikacja komórek macierzystych w gruczole sutkowym bydła przy użyciu narzędzi genomiki funkcjonalnej Marcin Kozłowski  notka, Katedra Nauk Fizjologicznych, WMW, SGGW	20+10 min
15.40	Dynamiczne zmiany transkryptomu w odpowiedzi komórek roślinnych na stres dr Marta Prymakowska-Bosak  notka, Instytut Biochemii i Biofizyki PAN, Warszawa	20+10 min
16.10	Zakończenie kursu, zebranie ankiet, rozdanie certyfikatów